Notte. In una cameretta semibuia, illuminato solo dalla luce di una lampadina, un ragazzo di undici anni è tutto intento a leggere un buon libro… per finta! L’inganno è perfetto: infatti la mamma, non sospettando nulla, saluta il figlio e lo mette a letto. Ma ecco che non appena uscita, il ragazzo salta fuori dalle coperte silenziosamente e accende sul televisore il suo videogame preferito: Il flauto magico! Il gioco è un tripudio di colori e azione, e là il suo eroe Tamino sta lottando contro un mostro orribile per salvare la bella Pamina, la figlia della Regina della Notte.
E lottando e giocando al videogame,improvvisamente… una grande luce e un tuono irrompono nella cameretta, spaventandolo a morte! Da quel momento, come per magia, tutto comincia a trasformarsi intorno a lui, e il ragazzo si ritrova a impersonare lo stesso eroe delle sue avventure virtuali: Tamino. Infatti, nella stanza appare ora lo stesso mostro contro cui, poco prima, stava combattendo nel videogame. Per fortuna giunge una bella Dama ad aiutarlo: è l’assistente della Regina della Notte, un altro dei personaggi del gioco, che con una sciabolata di luce sconfigge il mostro.
Ma le sorprese non sono finite. Ecco che, infatti, Tamino si ritrova ora improvvisamente in una foresta magica! Questa volta, a fare la sua apparizione è Papageno, il famoso uccellatore che troviamo anche nel videogioco. Papageno e Tamino fanno la loro conoscenza, ma subito la Dama interrompe i due rivelando a Tamino che è lì per conto della Regina della Notte e che ha un regalo da consegnargli da parte sua: il ritratto di sua figlia Pamina. Tamino, solamente guardando il ritratto, s’innamora della principessa all’istante, tanto da vederla riflessa in tutti i ritratti e tutte le facce del mondo. Avendo ascoltato le sue parole d’amore, giunge allora la Regina della Notte, circondata da un letto di stelle, e supplica Tamino perché l’aiuti a salvare Pamina dal suo perfido rapitore Sarastro. Tamino giura di salvarla a tutti i costi, e allora la Dama gli consegna un’armatura e un flauto magico perché l’aiutino nel suo cammino. Anche a Papageno la Dama regala un magico strumento chiamato Glöckenspiel. Grazie a questi due strumenti i due amici potranno districarsi nel lungo viaggio verso il Tempio della Saggezza di Sarastro, dove si trova rinchiusa Pamina. Ad aiutarli ci saranno anche i Geni, un gruppo di ragazzi saggi e coraggiosi e che saranno sempre pronti a consigliarli seguendoli e aiutandoli in ogni pericolo.
Tamino e Papageno partono, ma non passa un secondo che Papageno si perde e sbaglia strada. La fortuna però sembra assisterlo, perché senza sapere come si ritrova dentro al famoso Tempio della Saggezza di Sarastro, che altro non è che l’aula di una scuola. Là, tenuta legata e maltrattata da un bulletto di nome Monostatos e dai suoi amici, c’è Pamina. Monostatos e Papageno s’incontrano faccia a faccia e si spaventano l’uno dell’aspetto dell’altro. Entrambi fuggono, ma Papageno viene trattenuto da Pamina. Papageno, allora, felice di aver trovato la bella principessa, la porta via con sé nel tentativo di farla incontrare con Tamino, di cui le ha raccontato tutta la sua passione per lei.
Nel frattempo, proprio Tamino, trovandosi disperso nella foresta, viene guidato e consigliato dai Geni, e finalmente giunge anche lui al Tempio della Saggezza. Una volta entrato incontra Sarastro, ma non lo riconosce. Sarastro gli chiede il motivo della sua venuta, e poiché Tamino gli svela i suoi propositi di vendetta, il saggio maestro decide di chiudergli le porte del Tempio fino a che non sarà mosso soltanto da amore e amicizia. Tamino, disperato, inizia allora a suonare il flauto magico, nel tentativo di far apparire di fronte a sé Pamina. Il flauto attira gli animali della foresta e li incanta grazie al suo dolce suono, e gli stessi Pamina e Papageno lo sentono e cercano di dirigersi verso di esso, ma sbagliano strada e s’imbattono di nuovo in Monostatos, che ora è pronto a far fuori per sempre i due. Papageno allora attiva i campanelli magici del Glöckenspiel, e grazie ad esso si leva dall’impiccio: Monostatos e i suoi, come incantati, iniziano a ballare e se ne vanno così…
Mentre Papageno e Pamina stanno per fuggire, uno squillo di tromba annuncia l'arrivo di Sarastro. Assieme a lui, però, arriva di nuovo Monostatos, e questa volta con Tamino come prigioniero. Tamino e Pamina s’incontrano per la prima volta, e subito si riconoscono e s’abbracciano con amore, ma Monostatos non ci sta e li separa subito, chiedendo per i tre fuggitivi un’adeguata punizione. Tuttavia, Sarastro, che è in realtà un saggio e benevolo uomo, decide di castigare Monostatos stesso per la sua falsità e cattiveria. Allo stesso tempo decide di mandare, invece, Tamino, Papageno e Pamina a superare diverse prove, che serviranno a dimostrare il loro valore e la forza del loro amore.
Sarastro intrattiene poi un’assemblea con i suoi colleghi insegnanti e con i Geni per stabilire se i due giovani innamorati, nel caso superassero le prove, siano abbastanza valorosi da poter regnare su quei luoghi con amore, assieme. Dopo che tutti quanti, compresi i Geni, votano a favore, gli insegnanti guidano Tamino e Papageno nella prima prova: quella del silenzio.
Giunge però la Dama, e Papageno, con la sua linguaccia rischia di mandare all’aria subito la prova, non resistendo alla tentazione di chiacchierare un po’ con lei. Tamino però resiste e la Dama è costretta a fuggire, perché gli insegnanti di Sarastro non la trovino lì. Intanto Pamina è stata nuovamente accalappiata da Monostatos, che le rivela i suoi propositi di prenderla come sua innamorata a tutti i costi, dato che nessuno lo vuole perché brutto. A salvare la giovane, però, giunge la Regina della Notte. Monostatos scappa in un angolo e si mette a origliare l’incontro fra le due donne. La Regina della Notte chiede alla figlia di uccidere Sarastro per vendicarla, ma notando la riluttanza della figlia a obbedirla, la Regina se ne va via infuriata. Monostatos, allora, salta fuori e minaccia Pamina nuovamente, ma è Sarastro questa volta a comparire e a scacciarlo via. Monostatos, che non ne può più di esser trattato così, decide allora di passare dalla parte della Regina della Notte, per avere in cambio quella bella giovane come sposa. Sarastro però non se ne cura, e rassicurando e consolando Pamina s’allontana con lei.
Allo stesso momento Tamino e Papageno vengono ricondotti nell’aula per superare nuovamente la prova del silenzio. Questa volta però è Pamina a comparire, che vedendo che Tamino non le parla più, pensa che sia svanito in lui tutto l’amore che provava per lei. Pamina allora disperata, scappa. Anche Tamino parte, decidendo di inseguirla a distanza.
Papageno, allora, rimasto solo, si lamenta di non aver mai trovato per sé nemmeno una bella. Proprio in quella compare una strana signora spelacchiata che gli promette tutto il suo amore e che chiede di esser ricambiata, altrimenti non potrà mai liberarlo e farlo ritornare alla sua amata foresta. Papageno, non avendo alternative, decide di ricambiare il suo amore, ma nel momento in cui le dà la mano, la signora si trasforma in una bellissima donna-uccello uguale a lui e di nome Papagena! Tuttavia, è troppo presto per il loro incontro, e Papagena viene scacciata da uno dei due insegnanti. Pamina intanto incontra un altro insegnante che la informa della prova del silenzio che Tamino doveva superare a tutti i costi se voleva sperare di giungere alla conoscenza e di ottenere in cambio il suo amore.
I due innamorati ora possono incontrarsi nuovamente e riconciliarsi. Ma ancora una prova li aspetta, la più terribile: essi dovranno attraversare prima un fiume di fuoco, poi uno d'acqua. Due armigeri controllano il passo e dettano le regole. Così, Pamina consiglia così a Tamino di suonare il flauto magico, e grazie a esso e al loro amore, i nostri compiono indenni il pericoloso tragitto. Tutti quanti possono ora festeggiare, tranne il povero Papageno che è alla ricerca della sua dolce metà, Papagena. Cerca che ti cerca, Papageno è disperato, così i Geni grazie al suono del loro flauto e ai loro consigli lo aiutano a ritrovare Papagena e i due, finalmente uniti, cantano tutto il loro amore.
Intanto Monostatos ha raggiunto la Regina della Notte e, vendutosi a lei, accetta di aiutarla a uccidere Sarastro in cambio della bella Pamina come sposa. Assieme alla Dama, i tre tentano di infiltrarsi nel Tempio della Saggezza, che però magicamente torna a essere la stanza iniziale del ragazzo… Un grande tuono e una grande luce giungono allora nuovamente a spezzare gli intenti dei tre perfidi, che vengono per sempre intrappolati dentro al videogame, e così sconfitti. Finalmente ha vinto la luce, il ragazzo di undici anni ha superato tutte le prove ed è giunto alla conoscenza. Avendo impersonato Tamino per una notte intera, in un’avventura fantastica a metà fra il sogno e la realtà, egli ha compreso l’importanza e la potenza della propria fantasia, più grande di qualsiasi gioco virtuale.
Ma è già mattina, il momento in cui tutti i personaggi di questa fantasia notturna devono sparire per lasciare spazio al sole che, fuori dalle finestre, illumina un nuovo giorno.